(一)唐至清代
　　1.唐至元
　　唐贞元至宋代，漳州州署，址在城南(今中山公园内图书馆址)；龙溪县署，址在城西。元代，漳州路署和龙溪县署址仍旧。
　　2.明代
　　漳州府署　仍州署旧址。府署所属有经历司、照磨所、司狱司、理刑馆、延宾馆、阴阳学、医学、旌善亭、申明亭、龙亭库、新监、府馆、僧纲司(开元寺内)、道纪司(玄妙观内)、税课司(南门桥之南)、杂造局(北门街之北)、常平仓(原在府内之右，洪武十七年即1384年移建至布政分司之西)、丹霞驿(宋淳祐间即1241年至1252年在朝天门外，元至正间即1341年至1370年迁至府治之东，洪武三年即1370年改在布政分司之东)、府儒学(在府治东南)。
　　漳州卫署　在府治之西。
　　察院　在玄妙观之左，旧杂造局地。
　　布政分司　原在府治之西。明天顺八年(1464年)移至府治西北丹霞驿之右，以莲华招善寺旧址改建而成。
　　巡海道署　在府治东北，嘉靖间(1522年至1566年)拓建，制极宏伟。
　　漳南道署　在府、卫两署之间，成化七年(1471年)添设。
　　参将府　嘉靖四十一年(1562年)以旧法济寺改建而成。
　　龙溪县署　在府治之西(今教育学院)。
　　3.清代
　　漳州府署　仍在城南。顺治十二年(1655年)，郑成功军攻入漳州，官署全部拆毁。康、乾年间(1662年至1795年)，逐步修复。属署：南胜海防同知署，雍正十三年(1735年)移驻平和县南胜；石码粮捕通判署，乾隆八年(1743年)移驻龙溪县石码；经历司，在府大堂右；司狱司，在仪门之右；丹霞驿，在察院之东；阴阳学，在府治内大门外之左；医学，乾隆年间废；僧纲司，仍在开元寺；道纪司，仍在玄妙观。
　　分巡汀漳龙道署　清代，改漳南道为分巡汀漳龙道，驻府治东北原明巡海道署(明万历七年即1579年巡海道移驻兴化府，漳南道移署于此)。乾隆间重修并建西厅。
　　行署、试院　明察院改。作为上司往来停宿之处，又为提学试院。
　　龙溪县署　顺治间(1644年至1661年)，郑成功军拆毁。康、乾年间(1662年至1795年)，渐次修复，址仍旧。城内属署有县丞衙，原在县署大堂东，乾隆十一年(1746年)移驻华丰；典史衙，在县署大堂西(其余属署不在城内)。
　　(二)民国时期
　　城区有汀漳道临时道署(因龙岩道署未建就)、福建省第五行政督察专员公署、闽南师管区；中国国民党龙溪县党部、龙溪县政府、龙溪县参议会、龙溪县地方法院、龙溪县警察局等。红色政权有民国21年4月至5月间设立的闽南工农革命委员会(今仰文楼)。
　　(三)中华人民共和国成立后党政军机关
　　漳州市(地级)机关　中国共产党漳州市委员会、漳州市人民代表大会常务委员会、漳州市人民政府及其所属机构、中国人民政治协商会议漳州市委员会、中共漳州市委纪律检查委员会、漳州市人民检察院、漳州市中级人民法院、漳州军分区司令部、漳州警备司令部等。除检察院、法院址在今瑞京路外，余均址在今胜利路。
　　芗城区机关　中共芗城区委员会、芗城区人民代表大会常务委员会、芗城区人民政府及其所属机构、中国人民政治协商会议芗城区委员会、芗城区人民武装部等。除政协委员会址在今打锡巷、人民武装部址在今新华西路外，余均址在今南昌路。
　　此外，境内还驻有国家、省、军队的机关单位。