至元十六年(1279年)
　　宋闽冲郡王赵若和在侍臣黄材护卫下逃出崖山，因海上遇台风，在漳浦县浦东登陆，后转至湖西隐居。
　　同年，元廷升漳州为漳州路，属福建行中书省，辖龙溪、漳浦、龙岩、长泰等4县。
　　至元十七年(1280年)
　　陈吊眼、陈桂龙起兵抗元，八月十五日攻陷漳州，杀招讨使傅全、万户府知事阚文兴。后元唆都元帅入漳，义军撤离漳州。
　　至元十八年(1281年)
　　元镇国上将军完者都与右副都元帅高兴率兵5000人入闽，镇压陈吊眼义军。元军至建宁，收头陀军首领黄华为副元帅，令为前锋，破陈吊眼15寨。
　　至元十九年(1282年)
　　三月，元兵追陈吊眼至千壁岭(今云霄县埔尾乡万夫岭南)，吊眼被俘，就义于漳州城。其叔陈桂龙于至元二十年(1283年)被俘，流配于憨答沐。
　　至元二十五年(1288年)
　　三月甲寅循州农军万余人攻漳浦，泉州农军2000人攻长泰，汀赣畲民千余人攻龙溪，皆被元兵镇压。
　　至元二十六年(1289年)
　　漳州义军陈机察等8000人攻龙岩。畲氏邱大老1000余人攻长泰，为元军脱欢、高杰镇压。广东龙川人董贤举、钟明亮等聚众各万余人反元。董贤举被俘，钟明亮以万人攻梅州，部将江罗率8000人攻漳州，元以赣闽粤三省联军围剿。
　　至治二年(1322年)
　　龙溪、漳浦、龙岩3县析地置南胜县。县治设于九围矾山之东(今平和县南胜乡)。顺帝至元三年(1337年)移治于琯溪，至正十六年(1356年)又迁于双溪之北的兰陵(今靖城)，并改县名为南靖县。
　　泰定三年(1326年)
　　天宝(路边社)威惠庙落成，石匠于庙前后殿天井中雕作石莲花一座。花由花座、花蒂、花朵构成，旋动花朵，即从地下汲水流出，至今尚以为奇异。
　　至元四年(1338年)
　　六月，南胜县民李志甫率农军在九牙山起义反元，占领县城，围攻漳州，杀守将搠思监。元廷调江浙行省平章别不花统浙江、福建、江西、广东军镇压，被起义军打败。至元六年(1340年)三月，南胜人陈君用袭杀李志甫，向元献功。元授君用为漳州路总管府事。
　　至正五年(1345年)
　　农军万贵与嘉禾千户何迪立攻漳，围长泰天成寨，县人蔡淳率众攻破之。
　　至正八年(1348年)
　　三月，福建反元义军纷起，元廷以地远难治，改漳州新军万户府为漳州分元帅府。
　　至正十四年(1354年)
　　龙溪、漳浦、云霄、南诏(今诏安)等地大旱。
　　至正十九年(1359年)
　　南靖县民李国祥与潮州民王猛等率众陷南诏，总管罗良率兵镇压。
　　至正二十二年(1362年)
　　罗良以漳州中书分省右丞据漳州路自立。
　　至正二十五年(1365年)
　　泉州万户赛甫丁反元，率2000人攻长泰，县尹蔡淳率众守城。
　　至正二十六年(1366年)
　　元平章陈友定攻陷漳州，罗良战死于龙溪县北门塔口庵。友定割据邵武、建宁、延平、福州、兴化、泉州、漳州、汀州、潮州等地。
　　至正年间
　　龙溪人黄思永由国子监应举为释褐状元。