顺治三年(1646年)
　　三月初五(4月20日)，漳籍学者、南明武英殿大学士、吏兵两部尚书黄道周兵败被俘不屈，在江宁东华门就义。其弟子蔡春溶、赖继瑾、赵士超、毛玉洁同时殉难。
　　十月十九日，清军由漳平北溪攻入漳州，随后各县相继归附，漳州始入清版图。
　　顺治四年(1647年)
　　二月，郑成功和郑彩、杨耿等众入海澄，破九都。
　　顺治五年(1648年)
　　六月，平和人黄梧(县衙差役)与门役赖升谋，杀平和知县后往投郑成功。
　　顺治六年(1649年)
　　九月，郑军取漳浦；十月，攻取云霄，活擒守将姚国泰。
　　顺治八年(1651年)
　　五月，郑军与清军在海澄磁灶激战，打败漳州总镇王邦俊。十二月，郑军袭取漳浦、诏安、平和等县。
　　顺治九年(1652年)
　　一月，郑军进兵海澄，守将赫文兴降，继进军江东，攻取长泰并击败清总督陈锦援兵。四月，完成对漳州包围。
　　五月，清浙江总兵马逢知(旧名进宝)率骑兵1000，步卒3000来援，郑军纵其入城以增加城内粮草不足的压力。九月，清将固山金砺会刘清泰统浙、直满、汉骑兵驰解漳州之围。郑军于江东阻击失利。郑军撤围，数日后会战于古县，郑军又失利。围城5月有余，“饿死男女数余万”。
　　顺治十一年(1654年)
　　十二月，漳州清千总刘国轩归郑成功，郑军入漳州城，诸属县皆归附。
　　顺治十二年(1655年)
　　春，清贝勒世子罗托率军3万入闽，郑军从福、泉、兴撤回漳州，后退守海澄、铜山、厦门，并拆毁漳州、漳浦、南靖、长泰、平和、诏安等城。
　　顺治十三年(1656年)
　　正月，漳浦大雪，高二尺。
　　六月，海澄郑军守将黄梧、苏明献城降清。清廷封黄为海澄公。郑军损失粮谷25万担，军器、衣甲、锍器及将领私蓄不计其数。
　　顺治十七年(1660年)
　　九月，从李率泰言，迁同安之排头、海澄之方田沿海居民88堡及海澄边民安插内地。
　　顺治十八年(1661年)
　　三月二十三日(4月21日)，郑成功进军台湾，铜山青壮年500余人随征。海澄白礁也有300多名青壮年加入郑成功“忠贞军”，在台湾学甲登陆。
　　六月十六日，铜山郭义、蔡禄降清，驱赶百姓万余人入云霄，并实施迁界。
　　八月，清廷下迁海令，由户部尚书苏纳海入闽督迁。沿海边地以垣为界，龙溪自江东至莲花、鸟臼、姚屿、石美以东，漳浦自梁山以南，旧镇以东及镇海、陆鳌、铜山；海澄自一都至六都，诏安自五都至悬钟，皆为“弃土”。
　　康熙二年(1663年)
　　十月，清水师提督施琅、海澄公黄梧率师出海澄港，汇合总督李率泰、提督马得功攻厦门，因高崎守将叛归清军，厦门遂陷，郑军弃金门，退保铜山。翌年，郑经退走台湾，其他守将皆降。
　　康熙三年(1664年)
　　七月二十八日(9月17日)，漳州连日大雨成灾，城垣浸堕，房屋漂没，溺死多人。九月，漳浦、诏安大饥，饿殍枕藉，弃婴于路。翌年，长泰饥荒，加以迁界，难民流离失所，死人塞路。
　　康熙五年(1666年)
　　清廷首次在漳州举行乡试，漳人中举人6名。
　　康熙七年(1668年)
　　六月十八日(7月26日)，漳州所属各县同日大水(洪峰流量8500立方米/秒至10000立方米／秒)，府城淹没，南桥冲坏。
　　康熙十一年(1672年)
　　长泰虎患。至翌年，八里之内吞噬千余人。
　　康熙十二年(1673年)
　　九月十二日(10月21日)，诏安县孙如龙首登武进士。漳州战乱频繁，习武者众，清代漳州中武进士78人、武举人800多人，居全省之冠。
　　同年，漳州丽华斋魏长安精制的“八宝印泥”问世。此印泥冬不凝固，夏不出油，颜色鲜艳，备受文人墨士爱好，后来成为贡品。
　　康熙十三年(1674年)
　　三月十六日(4月21日)，清靖南王耿精忠应吴三桂之约，举兵反清。清巡海道陈启泰自尽。漳浦总兵刘炎、海澄总兵赵得胜均降耿精忠。漳属各县亦归附。郑经乘耿叛乱之机，自台湾率师占厦门。
　　康熙十四年(1675年)
　　六月，郑经率部围漳州，黄芳度(黄梧子)守城。十月初六，黄芳度部将吴淑、吴潜降。芳度投井死。
　　康熙十六年(1677年)
　　二月，清康亲王杰书击败郑经，郑经弃漳州、海澄等地。三月初二，郑经退守厦门。
　　康熙十七年(1678年)
　　二月初十，郑军部将刘国轩攻海澄，清副都统孟安、陆路提督段应举、宁海将军喇哈达、平安将军赖塔会师来援。刘国轩部退守石码，蔡寅部退守漳州天宝山。
　　三月，平和山民张雄招引诏安官陂人廖典攻陷平和县城。
　　四月，福建总督郎廷相求援解海澄之围。清廷命康亲王督率雅塔理并黄芳世、郎廷相急援海澄。随后逮捕郎廷相，以布政使姚启圣任总督，调江南提督杨捷入漳，合兵进援海澄。
　　六月，郑军刘国轩攻海澄，清军粮尽援绝，都统穆伯希佛阵亡，副都统穆赫林、提督段应举皆自缢死。郑军攻长泰，城守将黄辉降。
　　七月，总督姚启圣镇守漳州。
　　十二月，姚启圣、杨捷等于江东桥击败刘国轩。郑军吴淑、何佑等部皆败。
　　康熙十九年(1680年)
　　二月，郑军海澄守将苏堪、陈昌等降清，郑经、刘国轩退至台湾。清军复取海澄、石码、金门、厦门。五月，铜山郑军守将朱天贵降清。
　　十二月二十日(1681年2月8日)，设立宝漳局，属直隶户部度支衙门管辖，首次在漳州设炉鼓铸“康熙通宝”“漳”字钱。康熙二十一年(1682年)停铸，咸丰、同治、光绪3朝又复铸。
　　康熙二十二年(1683年)
　　六月十四日(7月8日)，清靖海将军施琅奉命由铜山出征台湾；二十二日(16日)攻取澎湖。七月十五日清军攻入台湾，郑克塽请降。
　　康熙二十三年(1684年)
　　十月二十五日(12月1日)，广州、漳州(后因故改厦门)、宁波、云台山分设粤海、闽海、浙海、江海4海关。
　　康熙二十四年(1685年)
　　六月二十九日(7月30日)，乡民林恩、陈妈等十余人谋袭漳州城，被总兵官金世荣捕获杖杀。
　　同年，闽海关厦门监督衙署在石码设稽查正口。后来，改为石码海关分卡。
　　康熙三十六年(1697年)
　　四月，诏安人吕扁在平和白叶渠聚众700余人于平和、南靖间沿途劫掠，被清兵及乡壮围击，吕扁被斩首。
　　康熙四十年(1701年)
　　平和琯溪发生龙卷风，琯溪前后10余里泉水尽枯，人畜飞坠他处，惟禾稼无损。
　　康熙四十四年(1705年)
　　春夏之间，诏安发生大旱，溪河尽枯，民食草根木叶。六月，平和暴雨，漂溺20余人。九月，诏安发生大水，山田多崩陷。
　　康熙四十九年(1710年)
　　闰七月初五(8月29日)，台风袭击漳浦沿海，海水暴涨，损坏民房1850间，溺死41人。
　　康熙五十年(1711年)
　　七月十八日(8月31日)，漳州各县地震。九月又震。
　　康熙五十二年(1713年)
　　四月二十七日(5月21日)，漳州各县大水，南靖更甚，沿溪田园全浸没水中。
　　康熙五十三年(1714年)
　　知府魏荔彤聘漳浦人翰林院庶吉士蔡世远主修《漳州府志》成书。
　　康熙五十八年(1719年)
　　长泰石铭里、高层等处虎患，噬百余人。
　　康熙六十年(1721年)
　　长泰人朱一贵于台湾起义。清廷派水师提督施世骠、总兵蓝廷珍讨伐。朱一贵被捕，年底在京城殉难。
　　雍正三年(1725年)
　　六月二十七日(8月5日)，长泰大雨，水淹县城东南城墙，沿溪庐舍尽被冲坏。八月，平和大雨，粗溪大峰村被淹没，死者甚多。
　　雍正四年(1726年)
　　漳州府城饥荒，斗米300钱。五月，南靖大水，冲决城垣若干丈。
　　雍正六年(1728年)
　　漳州设立雅言书院，诏安、南靖等县设立正音书院，教习通用语(相当于今普通话)，即所谓“官话”、“京腔”。
　　雍正十二年(1734年)
　　五月十六日(6月17日)，龙岩县升为直隶州，原漳属漳平、宁洋2县划归龙岩管辖。
　　汀漳道改为汀漳龙道，辖汀州、漳州两府和龙岩直隶州。治所仍设在漳州。
　　乾隆八年(1743年)
　　裁撤柳营巡检司设石码厅，厅治设在石码，驻通判，辖龙溪、海澄、南靖、长泰4县江海防。
　　乾隆十一年(1746年)
　　龙溪县丞移驻华丰，故俗称华丰为分县。
　　乾隆十三年(1748年)
　　长泰、漳浦、海澄等县有父母会、上帝会、祖师会等秘密结社活动。福建巡抚严谕各州县查捕。
　　乾隆十四年(1749年)
　　四月初一(5月16日)，漳州发生地震。
　　侨居噶罗吧(今印度尼西亚的爪哇)的龙溪县民陈怡携眷归国，竟被清廷判处充军，并没收家产。从此华侨不敢贸然回归。
　　乾隆十八年(1753年)
　　海澄大疫，人畜死亡无数。
　　同年，漳浦发大水。
　　同年，龙溪草潭水利工程完成，引九龙江水灌田数百顷，龙溪、南靖均受其利。
　　乾隆十九年(1754年)
　　闰四月十八日(6月8日)，风雨大作，海澄西、南两溪水涨数丈，淹没庐舍4850余间，人、畜死亡无数。五月，又遭水灾，龙溪民舍多被漂没。漳属7县均受灾。
　　乾隆三十二年(1767年)
　　十月十八日(12月8日)，漳浦杜浔天地会首领卢茂纠集何哲、林成等80余人，伺机攻抢县城仓库、城内富户，遭官兵搜捕。
　　乾隆三十六年(1771年)
　　七月初一(8月10日)，长泰县恭顺里角人硿村发生地裂，宽30丈，长3里许。一家23人尽陷入地洞里。先十余日，地有声；陷前牛挣断绳而奔。
　　乾隆四十一年(1776年)
　　《漳州府志》稿告成。因送审命改订，延至嘉庆十年(1806年)始刊刻。
　　乾隆五十一年(1786年)
　　十一月二十七日(1月16日)，移居台湾的平和县人林爽文、庄大田(均天地会首领)率众起义，势力鼎盛，遍及全台，先后3年，方被清廷平息。乾隆五十三年(1788年)二月初五庄大田被俘，三月十四被害。二月初一林爽文被擒，三月初十(4月15日)在京城就义。
　　乾隆五十三年(1788年)
　　平和、漳浦天地会组织被破获，会首陈彪、僧行义(俗名郑继)等被处死。其子女发配察哈尔垦区为奴，或流放3000里处置。
　　乾隆五十六年(1791年)
　　三月初六(4月8日)辰时(上午7时至9时)，漳州发生大震，有声如雷，民屋多损坏(震中东山湾，北纬23°48′、东经117°30′，震级里氏5.5级、震中烈度7度)。
　　乾隆五十九年(1794年)
　　八月十一、十二日(9月4、5日)，龙溪、南靖、长泰、海澄4县大水成灾(洪峰流量达8500立方米/秒至10000立方米／秒之间)，漳州府城积水数日不退，居民溺死，房屋倒塌无数。
　　嘉庆元年(1796年)
　　漳州大饥荒，一石米价2.8两至3.2两。
　　嘉庆三年(1798年)
　　四月，裁划平和县25保、诏安县2保13村，并云霄镇30保为云霄厅。
　　嘉庆十八年(1813年)
　　英商在铜山(今东山)布袋澳海域贩卖鸦片。清廷申禁私贩鸦片，官民服食者有罪。
　　嘉庆二十五年(1820年)
　　漳州瘟疫(霍乱)流行，患者吐泻死亡，不可胜数。
　　道光四年(1824年)
　　长泰县方成里陈婆山群虎为患，花洋村一带村民被噬36人。
　　道光七年(1827年)
　　九月，清廷规定漳州、福州、泉州三船厂，按月各修船一艘。
　　道光十一年(1831年)
　　十二月(1月3日至2月1日)，地大震，有民居塌坏(震中平和九峰，震级里氏5级、震中烈度6度)。
　　道光三十年(1850年)
　　六月，海澄人江源、江发兄弟和龙溪天地会首领陈庆真等人，在厦门正式建立小刀会。咸丰三年(1853年)四月初六日(5月13日)起义，当日克海澄；七日(14日)取石码。十日为清兵镇压，起义失败。黄位逃往南洋，黄得美与江源之妻被俘就义。
　　咸丰四年(1854年)
　　五月，坐落于府城东门外(今达聪巷)的江西盱南会馆落成。该馆系盱南商贾彭廷位等集资兴建，为漳州第一座会馆。
　　咸丰七年(1857年)
　　二月，开始征收行商厘金税。漳州府设厘金局，辖石码、琯溪、华丰3局。石码局分设洋老洲、北溪、江东桥3里卡及若干查验分卡。民国20年(1931年)废。
　　同治三年(1864年)
　　九月，太平天国侍王李世贤部由闽西汀州、永定入漳境。翌年(1865年)四月二十一日(5月15日)清按察使王德榜等攻陷府城。李世贤出逃后入粤投汪海洋，被汪杀害。
　　同治十三年(1874年)
　　岁试，漳州七邑生童向督学冯誉骥要求废除、减等“题卯银”，不准；于是罢考，形成士变。清镇军出兵弹压。事后为首南靖恩贡王开化等被充军、流放。
　　光绪三年(1877年)
　　光绪《漳州府志》刊行。
　　光绪四年(1878年)
　　二月初一(3月4日)，漳州府城设“咸吉”当铺，资本达4万银元。此为漳州第一家私营当铺。
　　十月二十九日(11月23日)，地大震。由东北渐向西南，历时40秒(震中漳浦海上，北纬23°30′、东经118°00′，震级里氏6.5级)。
　　光绪五年(1879年)
　　十月十一日(11月24日)，秋瑾出生于云霄厅七先生祠内。秋瑾系秋寿南、单氏之女，厅同知秋嘉禾之孙女，原籍浙江山阴(今绍兴)人，祖父、父皆在闽任职，时寓居云霄。
　　光绪六年(1880年)
　　海澄人曾文潜在石码开设华山烟庄，生产金丝烟与乌厚烟。烟庄资金10万银元，工人百余名。至光绪二十二年(1896年)，烟丝已远销南洋巴城、井里汶、三宝垄、泗水、直噶、梭咾等地。
　　同年，龙溪县华侨郭有品创办批郊(后改名天一银信局)，总局设在龙溪县流传乡，并在海外20多个国家和地区设通汇点，在闽南侨乡设分局，解送侨汇。天一批郊是福建省最早开办的民信局。
　　光绪十二年(1886年)
　　漳浦人陈锦畴在漳州城内开设“天益寿”药局，制售小儿疳积米圆、参茸固本酒等。
　　光绪十三年(1887年)
　　英基督教伦敦公会派巴阿美医生来漳。翌年在接官亭礼拜堂(今新华东路)开设诊所，为漳州第一间西医诊所。
　　光绪十四年(1888年)
　　十月，在漳州城新桥头竹巷下街开设电报分店，属厦门电报局领导。
　　同年，漳州鼠疫流行，城区发病8100多人，死7800人，南靖死4041人，长泰一日死30多人。
　　光绪十六年(1890年)
　　英基督教伦敦公会于漳州南厢新兴街创办福音医院。民国18年，更名协和医院。民国25年，伦敦公会动员英国长老会、美国归正教会、中国基督教闽南大会、中华基督教漳州区会等加盟协办，后迁址漳州马公庙(今漳州市委党校址)。
　　光绪十八年(1892年)
　　一月初八(2月6日)，漳浦县养正女校附设蒙养院开学，招收4岁至6岁女童及孤儿院适龄女童入学，为全国近代幼儿教育之先声。
　　光绪二十三年(1897年)
　　春，英基督教会伦敦公会和美国归正教会联合其所属教会在漳州城马道底创办中西学堂。
　　光绪二十四年(1898年)
　　清廷发行“昭信股票”(即公债票)向全国商民发售。漳州府、县官员向地方绅商摊派股票。
　　三月，漳属举人张纲、李魁、林镇荆等参与康有为发动的在京会试举人千人签名上书运动，请求“拒和、迁都、变法”。
　　同年，漳州开始将府、县属书院改为中、小学堂。书院制度至此终止。
　　同年，海澄县东南境太武山创办金永和煤矿公司，为福建境内最大的民营煤矿公司，但不久停办。
　　光绪二十六年(1900年)
　　六月二十四日(7月20日)，漳州第一个邮政代办所在石码开业，为厦门邮政总局分支机构。
　　光绪二十九年(1903年)
　　龙溪县南乡古县天主教徒郑维挖井，因风水地问题，与乡民酝成纠纷。外国传教士顾明心威迫县知事计达三逮捕乡民，教会又索赔1.33万银元。此事件称为“古县教案”。
　　光绪三十年(1904年)
　　飓风拔木，暴雨3天，九龙江西、北溪暴涨，西溪洪峰7500立方米／秒。平和坂仔圩店倒百余间，南靖县决堤20余丈；天宝、浦南村舍潦淹。
　　光绪三十一年(1905年)
　　知府孙传衮创办漳州府中学堂。中华民国元年，该校与汀漳龙初级师范学堂合并为漳州师范中学堂。同年夏又分开，改称漳州中学校。
　　同年，龙溪、海澄2县举行科举制度最后一次童子试。
　　同年，汀漳龙道道尹李仲平创办汀漳龙师范传习所于丹霞书院旧址，吴朝珪为监督，此为漳州师范教育之始。光绪三十三年(1907年)，该校改名汀漳龙师范简易科。宣统三年(1911年)，改为汀漳龙初级师范学堂。
　　各县成立“弃毒社”，强制鸦片烟瘾者戒烟。
　　光绪三十二年(1906年)
　　正月十一日(2月4日)，漳浦白扇会(又名仙拳会)党徒因在新路尾天主教堂外练拳引起纠纷，拳民围攻并捣毁天主教堂。县知事卢元璋出面弹压，拳民激怒之下转而攻入县城。后县、府、省派兵镇压，13人被害，为首蔡禧等也被捕至漳州城处决。英、法教会扩大事态，索赔400万银元。官府摊派拳民累增至6.4万余银元。此事件后称“漳浦教案”。
　　三月初四(3月28日)，地大震，波及泉州清源山石坊崩倒。(震中龙海——金门海外，北纬24°18′、东经118°36′，震级里氏6.2级)。
　　七月初十(8月19日)，地大震(震中龙海海上，北纬24°12′、东经118°18′，震级里氏5.2级)。
　　光绪三十三年(1907年)
　　福建第一条铁路漳嵩铁路开始兴建。宣统二年(1910年)十二月，嵩屿至江东段完工。宣统三年(1911年)五月通车，至民国19年停办。抗日战争期间铁轨皆被拆除。
　　光绪三十四年(1908年)
　　漳州源丰钱庄开业。经营存放款、开发银钱票，店东黄张珍。此为漳州第一家私营金融信用机构。
　　同年九月二十二日，台风暴雨两天，南靖山洪暴发，城区新旧桥被冲毁，侍御巷、烧灰巷水近中梁，大同路高水位北廓顶亦被淹。两溪洪峰流量8850立方米／秒。
　　宣统元年(1909年)
　　龙溪县籍华侨郭祯祥兄弟集资40万银元，在龙溪创办华祥号糖行，并在龙溪田边、海澄洪坑及同安水头建立3座制糖厂。
　　八月，铜山鼠疫流行，历时4个月，死者1162人。
　　十二月二十九日，平和白扇会首领江阿仗(大溪增坑村人，女)带领会众70余人，袭击县衙及武营，刺伤县令王元一。翌年春，漳州府派兵到下村、增坑、澄溪、石寨等地镇压，江阿仗逃脱。
　　同年，发行硬币铜元，替代制钱流通，每枚当制钱10文。
　　同年，平和县新兴公司山格糖厂采用机器制糖，产红糖20万公斤。新兴公司与华祥号糖行为漳州地区机械制糖业的首批厂家。
　　宣统二年(1910年)
　　大清银行漳州分号在漳州城区成立，经理庄启勇。
　　宣统三年(1911年)
　　九月十九日(11月9日)，革命军光复福州。漳州道台何成浩等出逃，龙溪知县曹本章(字燕甫)亦自东门出走。二十一日(11日)，革命党人联合农民武装，进至道台公署威迫清军缴械，宣布漳州光复，并成立中华民国漳州府。
　　十月初九(11月29日)，为表示革除弊政，废府为道，闽都督孙道仁委刘蔚为漳州地方军事司令官，陈培锟为漳州道尹。
　　十月十二日(12月1日)，漳州各党派在明伦堂召开全漳团体大会，因政见不一分裂为东、南二派。
　　十月十六日(12月5日)，同盟会员、漳州光复领导人之一宋善庆在马坪街(今漳州延安南路)遭暗杀身亡。
　　同年，漳州知府陈嘉言(字梅生)将二女分送给士绅孙宗蔡、蔡同昌，各得赆仪400银元，携眷归乡。
　　同年，漳州设参议会，苏郁文为漳州临时议长、徐丙森为书记长。后任熊飞为龙溪县知事。闽督孙道仁派安抚使蔡凤机来漳进行安抚工作，各县亦委派安抚员。
　　同年，电影传入漳州，城区天后宫首映无声电影(外国片)。