漳州气候主要受地势高低及海洋调节两大因素影响，气候分区基本与地貌分区相一致，可分成西北部山区、九龙江中下游平原和南部沿海3个气候区。
　　

　　除局部河谷外多为海拔400米以上中低山地，由于地势较高，夏无酷暑，距海洋较远，受海洋调节作用较弱，冬有轻度霜冻。降水量1700毫米至1800毫米，日照时间最短，雨、雾、霜日最多，有四季区分。
　　

　　包括龙津溪、花山溪、龙山溪河谷平原，一般高程在150米以下，距海洋较近，受海洋调节，夏季少有酷暑，冬季偶有霜冻，但不严重，以漳州城区为代表，极端最高气温为40.9℃(1953年8月16日)，最低气温－2.1℃(1955年1月12日)。年均降雨量1500毫米至1600毫米，日照时数与有雾日数在3区中都处于中间，已无严格科学意义上的冬季。
　　

　　包括东山、诏安、云霄、漳浦4县及平和县的南部3个乡镇，地形特点是面海背山，受山脉分隔，形成一系列大小不同的独流入海流域小区，各小区东、北、西3面为山脉环抱，南面向台湾海峡敞开，海风可长驱直入，是典型的海洋性气候区。气候年内变化小，海岛与沿海突出部以东山为代表，7月平均气温27.3℃，最冷月2月平均气温12.9℃，相差14.4℃，陆域以云霄城关为代表，最热月7月平均气温28.4℃，最冷月1月平均气温为13.6℃，相差14.8℃，温差都不大。沿海岛屿与突出部终年无霜，诏安、云霄城关实际有霜日每年平均只2.6天到2.7天，极端最高气温38.1℃，最低气温0.2℃。但由地势高低引起的气候差异却十分明显，诏安东溪上游河谷高程200米至225米，其东侧灵通山一般高程千米左右，主峰海拔1281.4米，距河谷仅2.5公里，西侧大芹山一般高程1200米，主峰海拔1544.5米，距河谷5公里，河谷与两侧山脊有800米至1000米高差；乌山山脉中脊高程800米至1000米，向两侧4公里至6公里即降到高程不足100米的河谷平原；梁山山脉直逼海岸，主峰海拔1001米，距海岸不到5公里，在上述地区，在2公里到5公里范围内有5℃至6℃的气温差异。日照时数东山2384.9小时为最多，陆域以云霄城关为代表，日照时数2098.8小时。降雨的地域差异很大，沿海突出部及岛屿是降雨低值区，一般1100毫米至1300毫米，东山铜陵年均降雨仅1059毫米，全市最低。稍向内陆年降雨增加到1500毫米至1600毫米，几条山脉东南坡年降雨达1800毫米至2000毫米，是降雨高值区。位于云霄境内乌山东坡的棪树村年降雨高达2279毫米，是全市降雨最多的地方。