境内侵入岩分布广泛，约占陆地面积的三分之一，其中以燕山期侵入岩所占的面积最大。侵入岩岩性绝大多数属酸性、中酸性花岗岩类，基性岩类和碱性岩类为数较少。前者多形成岩基或岩株；后者则呈瘤或岩墙产出。侵入岩分布严格受断裂构造控制，呈北东和北北东向展布。
　　境内侵入岩分为燕山早、晚期和喜玛拉雅期，共9次侵入活动。
　　

　　本期侵入岩以中酸性、酸性花岗类为主，其中亦有大量岩体偏中基性，岩性复杂。本期侵入活动强度大，分布广，构成境内侵入岩主体，按顺序为：
　　(一)第一次侵入岩——花岗闪长岩、二长花岗岩、片麻状碎裂花岗岩
　　主要分布在境内中部和西南部，面积502平方公里，约占侵入岩的14％。岩性为灰、灰白色斑状花岗岩，灰白、浅肉红色似斑状二长花岗岩、粗中粒二长花岗岩及片麻状碎裂花岗岩。岩体围岩为上三迭统文宾山组和上侏罗统南园组。在地貌上形成低缓丘地形，岩石球状风化发育，山顶浑圆，风化土壤呈赭色。
　　古美山、上营、岩寨山和丁寮为本次侵入岩的主要岩体。
　　古美山岩体　出露在湖西—象牙东西向构造上，岩体长轴呈北东向，似纺锤形，面积152平方公里，长短轴之比约为3比1。依岩性与结构由里向外分为巨斑状花岗闪长岩和似斑状二长花岗岩两个岩相。岩体受变质作用，产生片麻状构造及碎裂。
　　上营岩体　位于闽粤交界处，在角美－大布断裂西南段。岩体不规则，面积大约70平方公里，向西伸进广东梅县。岩性为二长花岗岩，往东斜长石含量增多，部分相变为花岗闪长岩。
　　岩寨山岩体　位于境内东部，出露在角美－大布断裂东北端，岩体出露面积约9平方公里。岩性为肉红色似斑状黑云母二长花岗岩。
　　丁寮岩体　位于境区西南部诏安四都境内。长轴呈北东向，面积93.4平方公里。岩性为灰白、浅肉红色片麻状碎裂黑云母花岗岩。岩石受强烈的动力变质作用，产生碎裂及片麻构造。岩体相带不发育，仅出现过渡相。
　　(二)第二次侵入岩——辉石闪长岩、石英闪长岩
　　本次侵入岩分布于境内北部，南部亦有零星出露，面积643平方公里，占侵入岩的16％以上。有招坑、芸山、钟腾、大望山、店仔、都寨、小山城、赤岭、田坑、山格、南靖、石古、下楼、经内、大南坂、福乐安等40多个岩体。芸山、钟腾、招坑为本次侵入岩代表岩体。
　　芸山岩体　位于境内东北部，龙海角美芸山一带，出露在角美－大布断裂带上，形状象一个不规则的三角形，面积37平方公里。岩性为辉石闪长岩，岩体南缘出现少量灰白色石英闪长岩。
　　钟腾岩体　位于境内西北部，出露在南靖—九峰断裂带上。形状为椭圆形，长轴呈北东向，面积71.4平方公里。岩体西部中粒石英闪长岩相，侵入界线为波状，接触面向围岩倾斜，倾角50度至80度。北部细粒石英闪长岩与围岩接触倾角平缓，岩体西陡而北缓。钟腾铜矿产于岩体西侧内接触带，矿床具有一定规模。此外尚有铅和黄铁矿矿化点。
　　招坑岩体　位于华安东部，仙都招坑。岩体长轴呈东西向，如棒形，面积3.5平方公里，长短轴之比为4:1。岩体围岩为上侏罗统南园组，西部被燕山早期第三次含黑云母花岗岩侵入。接触面东南部“超复”在围岩之上。岩体北陡南缓，为辉长闪长岩相和闪长岩相。
　　(三)第三次侵入岩──含黑云母花岗岩
　　本次侵入岩岩体多，面积大，多呈岩基、岩侏产出，几乎遍布全市，占侵入岩面积50％至60％。岩性较稳定，相带发育，结构变化大。矿化良好，并形成丰富的内生矿产。
　　主要岩体有金山、西陂、中心洋、定治、和春、奎坑、黄世尖、大帽山、塔潭、船场、井头、福场、龙伞、埔时地等70多个岩体。金山、黄世尖、大帽山和塔潭为本次侵入岩代表岩体。
　　金山岩体　地跨南靖、华安2县，地面出露西南自南靖书洋的树海一带，东北到华安仙都，范围包括南靖县的金山、龙山、船场、和溪，华安县的马坑、高安、高车、金山林场、新圩、仙都等乡镇场，面积上千平方公里，形如火炬。岩体长轴呈北东向，长短轴之比2:1。岩体中心相为肉红色中粗—粗中粒含黑云母花岗岩，过渡相为浅肉红色中粒含黑云母花岗岩，边缘相为浅肉红色中细—细粒花岗岩。
　　黄世尖岩体　位于境内西部，岩体东北部较宽、往西南变窄，面积37平方公里。长轴呈北东向，往西伸入梅县。西北侧边界线较平直，东南侧弯曲，产状不对称，东缓(20度至30度)西陡(70度至80度)相变发育良好，有中心、过渡和边缘3个相带。中心相为肉红色中粒花岗岩，粗中粒花岗结构，块状构造，过渡相为肉红色似斑状中细粒花岗岩，边缘相为肉红色细粒花岗岩或显微文象钾长花岗岩。
　　大帽山岩体　位于境区东南部，云霄峛屿境内，面积76.1平方公里。岩体形态较规则且对称。北半部似扇形，南半部为椭圆形。长轴呈北东向。可分为中心、过渡、边缘3个相带。岩体矿(化)点较多，矿种丰富。
　　塔潭岩体　位于境区东南部，岩体出露范围北界龙海程溪的大小田坑，南界漳浦旧镇－沙西一线，东界漳浦佛昙，西界平和南胜和邦寮，是境内最大岩基。岩体长轴呈北西向。近似矩形，长宽比约2:1。岩体分相明显，可分为中心相、过渡相和边缘相。岩体东南部有一高温热液脉状钨锡矿床。在外接触带上有一中低温热液型铅锌矿床。
　　(四)第四次侵入岩──细粒花岗岩
　　本次侵入岩是含黑云母花岗岩剩余岩浆的产物，岩性、结构与第三次侵入岩甚为相象，尤以边缘相更为相似。多呈小岩株或岩瘤产出。境内有掷石、芦溪、新村、金刚山、乌山、官畲、九且、罗必坑、茅儿尖等岩体。
　　新村岩体　位于境区东北部，天柱山－江东桥一线，长轴呈北东向，面积74平方公里，长宽比约为5:1，呈长条形，产状为陡倾斜，呈“超复”在围岩之上。岩体相带不发育，以过渡相为主，边缘相仅出露在西南缘狭窄条带上。
　　金刚山岩体　位于境内东部，漳浦－云霄交界处梁山山脉一带，形成“厂”字形，面积165.1平方公里。岩体东侧与第二次侵入岩呈直立接触，西侧以陡倾斜(75度)侵入上侏罗统南园组，岩体可分为过渡和边缘两个相带。
　　乌山岩体　位于境内西南部，云霄－诏安交界处乌山山脉一带，面积144.8平方公里，椭圆形，长轴呈北北东向，岩体以45度角向围岩倾斜，可分为过渡与边缘两个相带。
　　

　　
　　燕山晚期侵入岩的岩体个数和面积都不及燕山早期侵入岩，主要分布在东部，多呈岩体、岩瘤产出，个别为岩基。岩性较稳定，相带不发育，大多属中浅成相。围岩蚀变与矿化较早期侵入岩逊色，围岩主要为早期侵入岩，其次为中生代地层。
　　(一)第一次侵入岩——石英辉石闪长岩、石英闪长岩、石英二长岩、花岗闪长岩
　　本次侵入岩岩体、形态复杂，有岩基、岩株、岩瘤或岩墙。地形以低山缓坡地形为最常见，山顶呈浑圆形，山坡及山麓分布着较厚的赭色土壤，岩石球形风化发育。有高杵门、湖地、头山、坪水目、双告山、大元中、黄石山、林墩、和溪、枋洋、白花洋、坂里、高层、下樟、柑仔崎、长泰、祖地—芹霞等岩体。
　　祖地—芹霞岩体　位于长泰岩体北部，实际上是被古农岩体隔开的两个岩相。岩体北部围岩上侏罗统南园组，东北部内倾(65度)“超复”在围岩之上，岩体边界圆滑平整，面积70平方公里左右。祖地为石英辉石闪长岩相，芹霞为花岗闪长岩相。
　　林墩岩体　位于长泰枋洋境内，平面上近似椭圆形，面积27平方公里，长轴呈近东西向，长短轴之比约为2.5∶1。岩体北缘具有深灰绿色闪长岩捕虏体，多呈浑圆形，岩性稳定，为灰白色中粒花岗闪长岩。西南部与溪口组接触产生矽卡岩化、硅化、角岩化及碳酸盐化。
　　和溪岩体　位于境区西北部，形如直立大象，北端岩枝如象鼻。面积55平方公里。长轴呈北北东向，长短轴之比约为3:1。岩体东北部围岩为古生界浅变质砂页岩，南、北及东南部为燕山早期第三次含黑云母花岗岩，西北部被燕山晚期第二次花岗岩侵入。岩体产状东南部为陡倾斜(70度至80度)内倾“超复”在围岩之上，可分为花岗闪长岩、似斑状二长花岗岩和石英闪长岩3个岩相。
　　长泰岩体　位于境内东北部，出露在厦门－南靖断裂带上，长泰城关即在区内，形状不规则，是本区大岩基之一(仅次于塔潭岩体)，面积270.8平方公里。岩体接触面西部呈港湾状，东部呈圆滑波状，向围岩倾斜，倾角40度至50度。岩体自东向西分为辉石闪长岩相，石英闪长岩相和花岗闪长岩相，以后者占绝对优势。
　　(二)第二次侵入岩——似斑状中粒黑云母二长花岗岩、花岗岩
　　本次侵入岩岩性为二长花岗岩和花岗岩，岩体边界比较圆滑平整，接触面呈波状起伏，个别呈犬牙状。岩体产状外倾或内倾“超复”在围岩之上，倾角25度至75度。有古农、格仔厝、后林、顶城、梧龙、桂竹洋等岩体。
　　古农岩体　位于境内中部，北宽南窄，近似倒置的梯形，与岩寨山岩体相连。长轴呈北西向，长短轴之比2:1。岩体产状西北及东南均为内倾(45度至70度)“超复”在围岩上。岩性为肉红色似斑状中粒黑云母二长花岗岩，似斑状中粒花岗结构。
　　顶城岩体　位于境内西部，面积13.2平方公里，形态似三角形，接触面波状，以陡倾斜向围岩倾斜，南部呈“超复”。岩体相带不发育，仅出露过渡相，岩性为肉红色中粒二长花岗岩。
　　(三)第三次侵入岩——晶洞花岗岩
　　本次侵入岩分布范围小，呈岩株或岩瘤产出。围岩为燕山早期含黑云母花岗岩和上侏罗统南园组。岩体边界弯曲。绝大多数仅出露边缘相。地貌雄伟壮观，有石林孤峰。晶洞发育，风化面孔洞很多。有岩前、洋房坑等岩体。
　　(四)第四次侵入岩—花岗斑岩、正长岩
　　本次侵入岩零星分布，呈岩瘤或岩墙产出。岩体围岩为燕山早期含黑云母花岗岩，边界较圆滑规则，接触面平整，产状多内倾“超复”在围岩上，倾角55度至80度。侵入岩有两种岩类：花岗斑岩有大埔、虎形山、前岭、下经等岩体；正长岩有西庄岩体。已知的中低温热液型铅锌矿床和低温热液充填型铜矿化点与本次侵入岩有关。
　　

　　
　　本期侵入岩在境内零星出露，比较集中出露在船山场山字型一带和龙海－南澳北东向褶断带上，沿山字型前弧翼分布或呈北东向与海岸平行分布。岩石为中浅成相——辉绿岩类，呈岩瘤、岩墙产出，有草仔山、石井顶、东盘、大石山、四方山、茅坪等岩体。由于多数岩体呈岩墙贯入，所以接触面平直，一般中陡倾斜，岩石球状风化极为发育，风化土壤呈赭红色。
　　草仔山岩体　位于梅水坑—草仔山褶断带东南端，呈岩瘤产出，围岩为上二迭系翠屏山组，长轴为北北东向，呈椭圆形，长短轴比为2.5:1，面积0.1平方公里。球形风化发育，风化土壤呈棕褐色，岩性为深灰绿色辉绿岩。
　　石井顶岩体　深灰绿色辉长岩，岩石由斜长石(50％至65％)、辉石(30％至45％)和少量钛矿、磁铁矿、磷灰石组成。
　　东盘岩体　灰黑色辉长辉绿岩，由斜长石(40％)、辉石(35％至40％)、角闪石(20％)和少量黑云母、褐帘石等组成。
　　大石山岩体　深灰色辉长玢岩，斑晶为斜长岩，基质由斜长岩、普通辉石、石英和磁铁矿组成。
　　四方山岩体　深灰绿色辉绿玢岩，斑晶斜长岩，基质由斜长石、普通辉石和少量石英、磁铁矿、屑石组成。
　　茅坪岩体　岩体由内向外分过渡和边缘两个相，过渡相为灰黑色中细粒辉绿岩，边缘相为灰黑色微晶辉绿岩。
　　

　　
　　伴随着频繁的构造与岩浆活动，境内广泛发育着基性—酸性和碱性脉岩。据不完全统计，脉岩种类多达30余种，岩脉以石英脉、细粒花岗岩和花岗斑岩脉为多。
　　脉岩沿地质体和解理、劈理、裂隙及断裂贯入，呈单脉状或脉群出现。单脉有尖灭再现、复合脉象；脉群呈平行或雁行排列，也有呈“X”型、折尺、羊肠、网格、树枝等形状。单脉一般数十厘米至数米，小者只有几厘米，大者长可达数公里，宽百米。脉岩主要走向与区内断裂构造方向一致。火山岩区和沉积岩区的脉岩不仅单调而且数量少，而侵入岩中出现的脉岩种类及数量较多。